Peptíðhreinleikagreining er venjulega framkvæmd með því að nota High-Performance Liquid Chromatography (HPLC). Meginmarkmið massagreiningargreiningar er að staðfesta mólþunga; Núna eru helstu aðferðir sem notaðar eru við peptíðgreiningu Electrospray jónunarmassagreining (ESI-MS) og Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS).
Greining amínósýrusamsetningar leiðir í ljós gerðir og magn amínósýra sem eru til staðar í peptíð, en grundvallarreglan sem liggur að baki amínósýruraðargreiningu er Edman niðurbrot.
Aðferðir til að bera kennsl á efri uppbyggingu peptíðs eru meðal annars hringlaga tvískinnungur (CD), kjarnasegulómun (NMR), röntgengeislabrot, meðal annarra.
Í fasta-fasa nýmyndunarferlinu geta ýmis óhreinindi-svo sem eyðingarraðir, innsetningarraðir, mis-tengd peptíð, epimerized peptíð og oxuð peptíð-myndast. Að bera kennsl á slík peptíð-tengd óhreinindi fer venjulega fram með því að nota vökvaskiljun-Tandem Mass Spectrometry (LC/MS/MS); LC-MS gerir nákvæma ákvörðun á massa peptíðs á meðan MS/MS er notað til að skýra röð þess. Að auki er hægt að nota HPLC litskiljunaraðferðir til að ná fram skilvirkum aðskilnaði og greiningu.
Í -föstu fasa peptíð nýmyndun, er tengingarvirkni fyrst og fremst metin með því að greina tilvist frjálsra amínóhópa á resíninu; þessi greiningaraðferð er þekkt sem Kaiser prófið (eða Ninhydrin prófið). Ef frjálsir amínóhópar eru til staðar myndast blár eða rauðleitur-brúnn litur.